1、育種不同：雜交水稻需要通過父母本進行雜交育種而成，自身不會留種，而普通水稻不需要父母本，只需要通過自身繁殖而成，自身會留種。2、性質不同：雜交水稻是選用兩個在遺傳上有一定差異，同時它們的優良性狀又能互補的水稻品種進行雜交，生產具有雜種優勢的第一代雜交種，而普通水稻屬谷類作物。3、產量不同：雜交水稻平均畝產每公頃7.5噸，而普通水稻畝產在500公斤左右。
一般雜交水稻僅指由兩個遺傳背景相同的不育系和恢復系雜交后形成的第一代雜交種。大面積推廣的雜交水稻主要是利用水稻雄性不育系作為遺傳工具。
中國是世界上第一個成功研發和推廣雜交水稻的國家。雜交水稻具有個體高度雜合性，雜種后代出現性狀分離，故需年年制種。和雜交水稻相對應的是常規水稻。
隨著雜交水稻的應用推廣，使單位面積產量得到提高并減少用種量；雜交水稻直播栽培技術就是省去傳統的水稻栽培育秧過程，把經過浸種、催芽的稻種直接播到大田中，加以管理，使之成秧、分蘗一直到成熟的一種簡化栽培***。
